Реставрационные работы по монументальной живописи храма Иоанна Златоуста были начаты в конце 1960-х годов бригадой художников-реставраторов под руководством В.И. Васина.

Противоаварийные и консервационно-реставрационные работы в алтарной части церкви выполнены в 2010-2011 годах ЯХМ Реставратор, а именно бригадой художников-реставраторов монументальной живописи под руководством художника-реставратора I категории Крылова С.В.

Церковь Иоанна Златоуста и её окружение – самый гармоничный, цельный и законченный памятник ярославского зодчества. Летнюю церковь Иоанна Златоуста построили первой. В Ярославле в XVII веке были построены два храма, посвященных Иоанну Златоусту. Церковь Иоанна Златоуста в кремле утрачена. Сохранился только этот великолепный храм. Строился он 5 лет, с 1649 по 1654 годы по заказу богатых посадских людей Федора и Ивана Неждановских. Впоследствии они были похоронены в южной галерее храма.

Композиция храма Иоанна Златоуста в Коровниках стала к тому времени традиционной в ярославском посадском зодчестве. Это четырехстолпный пятиглавый храм, окруженный галереями и приделами. В эту традиционную композицию строители церкви Иоанна Златоуста в Ярославле внесли значительные новшества. Здесь колокольня и зимний (теплый) придел выделены в отдельно стоящие сооружения. Благодаря этому появилась возможность создать строго симметричную композицию.